Ova glavobolja je svrstana u grupu glavobolja koje nastaju zbog poremećaja homeostaze. Poremećaj homeostatskih mehanizama deluje na različite organe i sisteme, a uključuje promene arterijskih gasova u krvi, poremećaje volumena cirkulišuće krvi i njegovog biohemijskog i elektrolitnog sastava, kao i poremećaja endokrine funkcije.
Kod glavobolje zbog apneja u spavanju dolazi do pojave hipoksije i hiperkapnije povezane sa poremećajem spavanja. Jasan mehanizam nije dovoljno poznat, ali je u svakom slučaju posledica poremećaja homeostaze (stanje uravnoteženosti biohemijskih i metaboličkih i endokrinoloških parametara u organizmu).
Ovu glavobolju karakteriše jutarnja glavobolja koja je obostrana, u vidu pritiska, a nije praćena povećanom nadražljivošću na spoljne draži (foto i fonofobija). Učestala je, često je i hronična (javlja se petnaest ili više dana u toku meseca).
Postojanje apneja pri spavanju se najčešće otkriva na osnovu heteroanamnestičkih podataka (podataka koji su dobijeni od lica koja uočavaju ovu pojavu kod bolesnika tokom sna). Apneja pri spavanju se dokazuje celonoćnom polisomnografijom.
Efektivnim lečenjem apneja pri spavanju ova glavobolja se povlači tokom 72h i nema tendenciju ponavljanja.