Pod ovim nazivom su obuhvaćene dve grupe glavobolja:
Prvu grupu obuhvataju glavobolje koje se pripisuju intrakranijalnoj (unutarlobanjskoj) infekciji. Intrakranijalne infekcije se dele po izazivaču na virusne, bakterijske, gljivične i parazitne. Po toku se dele na akutne i hronične. Kod bakterijskog meningitisa (zapaljenje moždanih ovojnica) ili meningoencefalitisa (zapaljenje moždanih ovojnica i moždanog tkiva) postoji i oblik perzistentne glavobolje nakon preležanog meningitisa ili meningoencefalitisa. Takođe kada je bakterija izazivač ograničenog intrakranijalnog zapaljensko-purulentnog (gnojnog) procesa razlikujemo glavobolje kod moždanog apscesa (gnojna kolekcija u moždanom tkivu) i subduralnog empijema (gnojna kolekcija između dve moždane ovojnice).
Drugu grupu čine glavobolje koje se javljaju u toku sistemske infekcije.
Takođe ih delimo na glavobolje koje se javljaju u toku bakterijske, virusne i ostalih sistemskih infekcija. Tok ovih glavobolja isto može biti akutan i hroničan.
Ove glavobolje predstavljaju sekundarne glavobolje jer su vremenski podudarne i direktno vezane za postojanje intrakranijalne ili sistemske infekcije. Takođe predhodno postojeće primarne glavobolje mogu se značajno pogoršati ili postati hronične tokom intrakranijalne ili sistemske infekcije.
Akutne glavobolje prolaze u toku tri meseca od izlečenja glavobolje. Ukoliko infekcija nije adekvatno izlečena iz različitih razloga, a glavobolja traje duže od tri meseca, smatramo je hroničnom. Nakon izlečenog bakterijskog meningitisa ili meningoencefalitisa može se produžiti trajanje glavobolje i nakon tri meseca od početka infekcije i tada ovaj oblik glavobolje nazivamo perzistentnim.
Kod intrakranijalnih infekcija glavobolja je obično prvi i najčešći simptom. Pored glavobolje koja je difuzna postoji i fokalni (žarišni) neurološki deficit i/ili izmenjenim mentalnim stanjem( promena stanja svesti ili izmenjeno ponašanje).
Kod nekih sistemskih infekcija glavobolja je uobičajeni prateći simptom. Od virusnih infekcija najčešće je prisutna kod influence (gripa), a kod bakterijskih infekcija je sepsa najčešći uzrok glavobolje.
Dijagnoza navedenih glavobolja se postavlja na osnovu istorije bolesti pacijenta, fizikalnog i neurološkog pregleda, laboratorijskih analiza krvi, urina i cerebrospinalne tečnosti (likvor), kao i primenom različitih dijagnostičkih procedura (rendgenski snimci, EEG, ultrazvučni pregledi, Kompjterizovana tomografija i/ili Neuromagnetna rezonanca mozga).